Приезжая в дивизию, Якир лично вникал во все стороны боевой и политической подготовки. Прежде всего его интересовало политическое воспитание красноармейцев и командиров. Он подчеркивал, что основное преимущество Красной Армии перед армиями капиталистических стран (при равном уровне боевой подготовки) состоит в высокой политической сознательности ее бойцов и командиров.
— Если мы не будем постоянно проявлять заботу о политическом воспитании Красной Армии, — часто говорил Якир, — то она лишится своего главного преимущества и превратится в обычную армию.
При всей своей сдержанности и деликатности Иона Эммануилович ополчался против тех командиров, которые считали, что сначала бойца нужно научить ходить, стрелять, переползать, перебегать и прочим премудростям тактики одиночного бойца и лишь потом думать о его политическом воспитании. Командиров, утверждавших, что с новобранцами надо начинать не с бесед на политические темы, а с метания гранаты, он называл аполитичными делягами.
— Приучить молодого красноармейца подчиняться требованиям строгой воинской дисциплины нельзя, если не направлять его волю в нужную сторону, — учил Якир.— Воспитательная работа не исключает и мер принуждения, но убеждение — главное.

Вообще 5-й Заамурский сыграл в жизни Ионы Эммануиловича немаловажную роль. Полк был опорой, вокруг которой формировались и сплачивались новые отряды. Покинутые своими офицерами, заамурцы не разбежались, а превратились в боеспособную воинскую, притом красную, часть. Они поддерживали большевиков, шли за ними, а впоследствии многие из них стали коммунистами. И сам Иона Якир не раз с подчеркнутой гордостью говорил, что свой первый партийный билет он получил в военной организации большевиков-заамурцев.....
и сам он стал похож на бывалого солдата-фронтовика, который наконец-то понял, для чего ему дана в руки винтовка.
Раньше весь военный опыт Ионы ограничивался тем, что он, шаля и дурачась, стрелял из малокалиберной винтовки по случайным мишеням. А теперь уже с настоящей боевой винтовкой в руках этот высокий худощавый парень во главе небольшого отряда в двадцать - тридцать бойцов участвовал в стычках с румынами, защищал окраины Кишинева и даже преследовал противника на реквизированных грузовиках.

И я радуюсь великой русско-китайской дружбе и горжусь, что на заре Советской власти с оружием в руках защищал Страну Советов от ее врагов под командованием героя-полководца товарища Якира.

В русском военном зарубежье оценки И.Якира положительные, но довольно сдержанные: «Якир... очень неплохо управлял (не командовал, конечно) КВО, который, по справедливой оценке военных специалистов, стоит на первом месте среди советских округов».

Впрочем, Якир, в 1927—1928 гг. учившийся в Военной академии в Германии, получил высокую оценку своих способностей со стороны своих немецких учителей, в том числе и от фельдмаршала П. фон Гинденбурга. Знаменитый военачальник Первой мировой войны подарил Якиру, прочитавшему в германской академии лекции по истории Гражданской войны в России, книгу А. фон Шлиффена «Канны» с надписью: «На память господину Якиру — одному из талантливых военачальников современности».