1919г. Алкснис был зачислен в РККА, и отправлен на фронт, в Оренбургскую губернию, для подавления восстания Уральского казачьего войска. 55я стрелковая дивизия, где Алкснис был комиссаром, была сформирована в основном из латышей и отличалась жестокостью. Обладая значительной властью, как комиссар, Яков Иванович мог пресечь преступные действия, но он их поощрял. В частности, практиковались «децимации» – казнь каждого десятого в селах, поддержавших повстанцев, а Оренбурге после его занятия с согласия Алксниса лиц, подозреваемых в сочувствии казакам, вешали. Трупы повешенных не убирали по нескольку дней – «в назидательных целях». Затем Алкснис был направлен на Дон – в его «решительности» Совнарком успел убедиться. Был военкомом Донской области, в частности, занимался принудительной мобилизацией в РККА. Уклонялись от призыва очень многие – просто из-за нежелания участвовать в гражданской войне. Кроме того, существовало много «зеленых» отрядов – формально анархических или эсеровских, а на деле это были просто люди, укрывавшиеся от мобилизации по лесам и отдаленным хуторам. «Талант» Алксниса проявился и здесь: при задержании групп дезертиров применялась казнь части из них на месте, после чего остальным предлагалось или идти в РККА, или их тоже казнят[1].
Проявленная Алкснисом жестокость оказалась излишней даже с точки зрения Троцкого: Яков Иванович был отозван и назначен с понижением – помощником командующего Орловским военным округом. А затем был выведен в резерв наркомата обороны, и до 1924г. был не у дел и для проформы поступил в военную академию им.Фрунзе....

...
Если лично Алкснис освоил летное дело, и тут к нему претензий не было, то со строительством ВВС возникли проблемы. Дело в том, что к середине 30х годов советская авиация стала серьезной частью вооруженных сил, и в нее вкладывались большие деньги. Поэтому было важно, на какие именно цели эти деньги пойдут. Яков Алкснис стал поддерживать неудачные проекты – истребитель-бомбардировщик, тяжелый низковысотный бомбардировщик и т.д.[3] Были проекты и просто «сырые», которые конструкторские бюро «впаривали» Алкснису, как якобы уже готовые к внедрению, чтобы получить побольше средств. Результатом было множество аварий и гибель летчиков. Причиной всему этому была нехватка у Алксниса образования и неспособность его собрать вокруг себя  толковых специалистов.[4]
В 1937г. Я.И.Алкснис был включен в состав Специального судебного присутствия, разбиравшего дело о заговоре М.Н.Тухачевского. Настаивал не только на казни всех заговорщиков, но и на репрессиях и в отношении членов их семей. По собственной инициативе  принялся выискивать «врагов народа» среди своих подчиненных, а также в обслуживающих ВВС конструкторских бюро и на предприятиях авиапрома. Подобное поведение вызвало беспокойство Ворошилова: нарком обороны не без оснований опасался полной дезорганизации и так неважно работающих ВВС; это было тем более некстати, что шла гражданская война в Испании, и советские ВВС в ней активно участвовали. Поэтому устроить кадровый погром в авиации Алкснису не дали, и 23 ноября 1937г. он был снят со всех постов, исключен из партии и арестован. Алксниса обвинили в создании «латышской фашистской организации», что было неправдой: он никаких «организаций» не создавал. Его также обвинили во вредительстве – хотя на самом деле имела место некомпетентность. На следствии подвергался избиениям и пыткам. В результате полностью признал себя виновным. Написал из тюрьмы несколько писем на имя Ворошилова с просьбами о пощаде, но Климент Ефремович не ответил. 29 июля 1938г. Яков Алкснис был расстрелян[5].