12 января резко дестабилизировалась ситуация в Азербайджане, когда в Ленкоране и других городах власть была захвачена воинствующими националистами из т.н. «Народного фронта Азербайджана». Некоторые участки границы с Ираном оказались оголёнными, через эти бреши в республику хлынули боевые подразделения. Боевики создавали склады с оружием, а также стали выводить на улицу недовольных граждан, организовывая демонстрации неповиновения. Столичный Баку, в котором НФА самостихийно ввел чрезвычайное положение, оказался во власти националистов и был фактически отрезан от Советской державы.
Такой драматический поворот событий потребовал от кремлевских властей решительных мер. 15 января 1990 г. Президиум Верховного Совета СССР был вынужден принять решение о введении чрезвычайного положения в столице Азербайджана, а также в Армении, в Нагорно-Карабахской области.
Для наведения правопорядка в республиках Южного Кавказа советское руководство оперативно бросило сразу несколько частей воздушного десанта близ азербайджанской столицы с 12 по 19 января, сосредоточив силы сразу двух дивизий ВДВ (106 и 76-й), а также двух десантно-штурмовых бригад (56-й и 21-й). В Армению, в столичный Ереван была переброшена 98-я ВДД под командованием В. Востротина. В многострадальный Нагорный Карабах вошла 39-я ДШБ [1, с.226]. Таким образом, в Закавказье в одночасье оказалась большая группировка десантников численностью около 20 тыс. бойцов. Понятно, что при таком положении дел сам командующий ВДВ, конечно, находился со своими десантниками, готовился к овладению Баку. Согласно плану операции «Удар» [7], к семи часам утра 20 января город был блокирован со всех сторон. Ввод войск начался. По утверждению командующего ВДВ, действия войск в целом отличались высоким профессионализмом, быстротой и отсутствием потерь.
Части и подразделения десантников входили в Баку с нескольких направлений. Генерал В. Ачалов, который находился в тот момент вместе с министром обороны Д. Язовым, вспоминал: «Войдя в город, десантники «разрезали» его на части, изолировали основные очаги сопротивления, деблокировали воинские части и городки семей военнослужащих, взяли под охрану основные административные и экономические объекты. Оперативно оценив обстановку, выяснив тактику действий боевиков, приняли решение развернуть борьбу с их подвижными отрядами и снайперами. Были созданы мобильные группы захвата, которые очищали от экстремистов дом за домом, район за районом. Выявив основные места концентрации экстремистов, их штабы, склады и узлы связи, десантники приступили к их ликвидации.
Я все время находился вместе с министром обороны. Там же, в Ставке находились Е.М. Примаков, А.Н. Гиренко. Условия были фронтовые: спали накоротке тут же в кабинетах, из еды – кофе, чай, бутерброды» [1, с.232].
Поставленную задачу десантники выполнили. Группировке сил ВДВ (более двух дивизий, около 20 тыс. бойцов) удалось навести порядок в городе, потратив 1,5 тыс. боевых патрон. Потери боевиков составило 49 человек убитыми.
Представители либероидного лагеря дают иную оценку. К примеру, Д. Фурман и Али Аббасов утверждают по этому поводу: «Ввод войск сопровождался крайней жестокостью ; стреляли по любой движущейся мишени и просто по темным переулкам и окнам домов. К моменту объявления по радио чрезвычайного положения уже было убито 82 человека, в большинстве своем никакого отношения к пикетам не имевших. После этого погибли еще 21 человек. Из 82 трупов погибших от огнестрельных ранений у 44 входившие отверстия от пуль – в спине, были заколотые штыками в спину» [7]. Однако согласно данным Минздрава Азербайджанской ССР, число погибших составило 170 человек. Советская армейская группировка потеряла 21 солдата. Сделав доклад Министру обороны о выполнении задачи, командующий ВДВ сел в БМД и отправился в город: «…решил лично проехать и посмотреть войска. Было около семи часов утра, город совершенно вымерший, пустой. Проехали в госпиталь, где лежали наши раненые ребята. Обошел палаты, раздал, что сумели собрать: кому конфеты, кому еще что-то в качестве подарков. Были в основном легкораненые» [1, с.233].
Ситуация в Баку стала постепенно стабилизироваться. Армия передавала функции силам МВД, которые были деморализованы.
Через несколько дней десантникам была поставлена новая задача. Лидеры НФА (народный фронт Азербайджана) укрылись в Бакинском морском порту. Здесь же были сосредоточены склады оружия, радиостанции и группы боевиков. 24 января 1990 г. В. Ачалов получил от Д. Язова новый приказ, а именно: захватить… порт и выбить оттуда боевиков. Выполнение задачи В. Ачалов поручил костромскому полку 106-й (Тульской) ВДД. Действуя решительно, десантники использовали боевые оружия и даже производили выстрелы из БМД-1 по катеру, охранявшему корабль «Сабит Оруджев», где находился штаб НФА.
За день до штурма бакинского порта части ВДВ начали действия по восстановлению порядка в Ленкорани, Пришибе, Джалилабаде. Помогали и пограничникам в восстановлении государственной границы с Ираном. На прикрытые ирано-азербайджанские границы была брошена знаменитая 103-я (Витебская) дивизия ВДВ, воевавшая в Афгане «от звонка до звонка».
В 1990 г. Закавказье было не единственным районом СССР, где произошли кровопролитные столкновения на почве межэтнических проблем. Не прошло и одного месяца после трагических событий в Баку, как ситуация взорвалась в Таджикистане, в столичном Душанбе. Смута началась с 12 февраля, более 100 административных, промышленных и прочих объектов были с сожжены и разгромлены. В ходе бесчинств погибло 20 человек, а сотни людей были ранены и травмированы. Среди боевиков были бывшие воины-афганцы. В середине февраля в Душанбе по воздуху был переброшен 299-й полк 98-й ВДД. Вместе с десантиками в Душанбе прибыл и командующий ВДВ, который четко ставил задачу не допустить кровопролития и стычек на национальной почве при восстановлении порядка.
В начале июня 1990 г. ожесточенные кровопролитные стычки произошли в Киргизии, в городах Ош, Новый Узген и Кара-Суу. Трагедия началась в областном городе Ош. В этом областном городе Киргизской ССР проживало около 170 тыс. человек. Причем в Оше проживало значительное число узбеков, которые в начале 1990 г. стали консолидироваться в неформальное объединение «Адолат». Лидеры «Адолата» стали обращаться к руководству республики с требованием создания узбекской автономии в Ошской области и придания узбекскому языку статуса одного из государственных. Между узбеками и киргизами усиливался межнациональный конфликт. Начались узбеко-киргизские столкновения. В ходе резни, по данным прокуратуры СССР, погибло 1200 человек [5]. Разводить враждующие стороны пришлось снова военным, прежде всего десантникам. С июня 1990 г. в Фергане и Оше была высажена посадочным способом группировка ВДВ, в которую вошли 104-й полк 76-й ВДД, 56-я ДШБ; 137-й полк 106-й ВДД высадился во Фрунзе. Захватив горные перевалы на границе Киргизии и Узбекистана, гвардейцы установили контроль в Оше и Узгене. По воспоминаниям В. Ачалова, на первом этапе операции были локализованы места концентрации боевиков, разведены враждующие стороны, взяты под охрану заводы, административные и социальные объекты. Десантникам приходилось спасать раненых, а также хоронить убитых. Местная власть и силы киргизских МВД были парализованы. Десантникам пришлось обеспечивать общественный порядок, возобновлять работу промышленных предприятий и транспортных коммуникаций.