В 2005 году занимал должность советника премьер-министра Ирака в первом избранном правительстве. В том же году стал членом Совета представителей и возглавил комитет по экономике, инвестициям и реконструкции. Переизбрался в 2010 году, а в 2013 году был назначен председателем комитета по финансам и участвовал в споре за распределение бюджета Ирака

В 2006 году стал кандидатом на пост премьер-министра, которым стал Нури аль-Малики, заменив Ибрагим аль-Джаафари. В 2008 году аль-Абади, будучи непоколебимым в своей поддержке суверенитета Ирака, настаивал на определённых условиях в соглашении с США о присутствии в Ираке. В 2009 году он был назван ключевым человеком в восстановлении Ирака. Во время проведения конференций по иракской нефти с 2009 по 2012 год, аль-Абади был активным членом Иракского Нефтяного Консультативного комитета. В 2010 году он был одним из нескольких иракских политиков, поддержавщих иск против компании «Blackwater» по убийству их сотрудниками 17 мирных иракцев. Некоторое время занимал должность вице-спикера Совета представителей.

В 2014 году аль-Абади снова был выдвинут альтернативным кандидатом в премьер-министры от шиитских политических партий

В августе 2014 г. правительство Ирака возглавил Хейдар аль-Абади – заместитель Нури аль-Малики в руководстве партии "Исламский призыв", его давний сподвижник и соратник. В ходе парламентских слушаний в октябре 2014 г. Нури аль-Малики пытался обвинить в катастрофическом поражении в Мосуле и Тикрите всех вокруг и даже заговорил о предательстве курдов, но своей ответственности как верховного главнокомандующего Вооружёнными силами Ирака он так и не признал.

А ведь фантастический успех "Исламского государства" в Ираке в 2014 году был бы невозможен, если бы шиитское правительство Нури аль-Малики в интересах сохранения территориальной целостности страны удовлетворило в конце 2013 года требования (по большей части справедливые) иракских арабов-суннитов. Вместо этого суннитов, составляющих более трети населения Ирака, власти вынудили встать на путь вооруженной борьбы. К середине января 2014 г. сунниты установили контроль почти над всей провинцией Анбар, обширными районами провинций Нейнава и Салах эд-Дин, а также значительной частью еще четырёх провинций страны. Это открыло оперативный простор боевикам-суннитам "Исламского государства" (ИГ), хлынувших в Ирак из соседней Сирии, где их теснили верные Башару Асаду войска и курдские отряды пешмерга. За несколько месяцев военная машина Ирака была сокрушена, а отряды ИГ подошли к Багдаду на расстояние 20-30 километров.

Боевики ИГ навели такой ужас на иракские правительственные войска, что те бежали без оглядки, бросая технику и вооружение. Прекратили свое существование пять дивизий регулярной армии и дивизия Министерства внутренних дел. Сдались в плен и были расстреляны свыше 7000 иракских военнослужащих, более 12 тыс. до сих пор числятся пропавшими без вести. В руки исламских террористов попало свыше 2500 единиц бронетехники (включая почти 100 танков "Абрамс" М1А1), артиллерийские системы, склады боеприпасов и т. д. Иракская армия, на вооружение и подготовку которой США потратили, по разным данным, от 22 до 24 млрд. долларов, оказалась полностью деморализованной. А точнее говоря, армии как таковой в "новом Ираке" и не было — трудно назвать армией сборище вооруженных людей в камуфляже, заражённое коррупцией и кумовством. В сентябре 2014 г. в структурах Министерства обороны и МВД Ирака обнаружились свыше 60 тыс. "мёртвых душ" (в Ираке их называют "космонавтами"), коим регулярно начислялась зарплата, оседавшая в карманах военных и гражданских воров. Продажа должностей и званий стала в Ираке распространённым бизнесом; комиссия по борьбе с коррупцией обнаруживала старших офицеров, не только не имеющих военного образования, но не умеющих читать и писать.

Новый иракский премьер Хейдар аль-Абади на первый план в ряду задач своего правительства поставил борьбу с "Исламским государством" и разоружение всех неподконтрольных властям военизированных формирований и полувоенных организаций. Однако то, что новые власти по-прежнему отказываются признать раскол иракского общества по этноконфессиональному признаку и низведение суннитов до положения униженных и оскорбленных, заставляет усомниться в возможности успешного решения поставленных задач