В начале 1921 года во главе батальона, а затем сводного отряда действовал против двух повстанческих «армий» Антонова в Тамбовской губернии. В конце июня 1921 года командующий войсками в Тамбовской губернии М. Н. Тухачевский подписал приказ о назначении Аркадия Голикова, которому в то время ещё не исполнилось и 18 лет, командиром 58-го отдельного полка по борьбе с бандитизмом. Полк также действовал в Тамбовской губернии.

С февраля по ноябрь 1922 года находился в Енисейской губернии, возглавляя отряд ЧОНа, подавлявший антисоветское повстанческое движение в Хакасии (в Ачинско-Минусинском районе Енисейской губернии), лидером которого властями считался И. Н. Соловьев.

19 марта комбат Голиков получил назначение на должность начальника Второго боевого участка Ачинско-Минусинского боевого района. 26 марта выехал из Ужура в село Божье Озеро, а с 29 марта принимал командование участком[2]. В его распоряжении находились 102 красноармейца 2-й роты 6-го сводного от­ряда с четырьмя пулемётами и 26 кавалеристов, позднее численность бойцов увеличилась до 165 человек. Выделив сорок красноармейцев для охраны курорта «Озеро Шира» и десять — в качестве гарнизона села Солёноозёрное, Голиков основные силы держал при себе[3].

Уже в начале ап­реля 1922 года, оказавшись с небольшими силами в районе, где, по его мнению, половина населения подде­рживала «бандитов», Голиков информировал командующего губернским ЧОНом о необходимости, по опыту Тамбовщины, введения против «полудиких ино­родцев» жёстких санкций, вплоть до полного уничтожения «бандитских» улусов[4]. С появлением 18-летнего командира среди чоновцев участились случаи жестокого отношения к хакасскому населению. Конфискациям (мародерство) и экзекуциям (избиениям и поркам) подверг­лись жители улусов Барбаков, Подка­мень, Балахта, Сулеков, Большой Арыштаев, Малый Кобежиков и рудничных посёлков.

Представитель военной власти не сумел наладить отношений с местными Советами и с уполномоченными губотдела ГПУ, которые, по его мнению, больше следили за поведением чоновских командиров и не занимались своими прямыми обязанностями — созданием агентур­ной сети. Голикову, по его собственным словам, «пришлось лично вербовать себе лазутчиков». При этом он обставлял свои действия устрашающими атрибутами[5].
Методы молодого командира вскоре вызвали недовольство со стороны как населения, так и местных властей. Голиков не обременял себя формальностями, избиения и даже расстрелы не раз осуществлялись им просто «по подозрению» в сотрудничестве с бандой. Конфискации происходили в соответствии с нуждами отряда и были восприняты населением как грабёж. Вербовка также проводилась при помощи избиений и под угрозой расстрела. Так, 19 и 27 апреля 1922 года комбат Голиков по подозрению в связях с бандой арестовал Ф. П. Ульчигачева и И. В. Итеменева, которые после допроса согласились стать его разведчиками[5].

В свои молодые годы комбат злоупотреблял алкоголем. Сложные отношения сложились у Голикова и с подчинёнными. Шестеро красноар­мейцев из вернувшегося с оперативного задания взвода, выказавших недовольство его поведени­ем, были арестованы и при отправке в Форпост лишены своих вещей. 24 апреля командир этого взвода подал вышестоящему командованию ра­порт, в котором обвинил комбата в развале своего подразделения[6].

В мае 1922 года по приказу и с участием Голикова чоновцы расстреляли и убили при попытке к бегству пятерых человек[7]. Такое отношение к населению со стороны чо­новцев и их командира вызвало озабоченность представителей местной влас­ти. Жалобы на деятельность «Аркашки» посту­пали в Ужур, Ачинск и Красноярск. Телеграмму с просьбой принять меры по спасе­нию людей прислал заместитель председателя Усть-Фыркальского исполкома Коков.

3 июня особым отделом губернского отдела ГПУ было начато дело № 274 по обвинению Голикова в злоупотреблении служебным положением. На место выезжала специальная комиссия во главе с комбатом Я. А. Виттенбергом, которая, собрав жалобы населения, заключила свой отчет требова­нием расстрела бывшего начальника боеучастка. 7 июня из штаба губернского ЧОНа в особый отдел была передана резолюция командующего В. Н. Какоулина: «Арестовать ни в коем случае, заменить и отоз­вать».

14 и 18 июня Голиков был допрошен в ГПУ. Пока­зав, что все расстрелянные являлись «бандитами» или их пособниками, он признал себя виновным лишь в несоблюдении при осуществлении дан­ных акций «законных формальностей». Согласно его объяснению, оформлять протоколы допросов и расстрельные приговоры было некому. Началь­ник особого отдела Коновалов нашёл Голикова виновным в самочинных расстрелах и подлежа­щим заключению под стражу. 30 июня дело Голикова губотделом ГПУ по указанию президиума Енисейского губкома РКП(б) было передано в контрольную комиссию при губкоме для рассмотрения его по партийной линии[8].

18 августа партийный орган решил об­судить его на совместном заседании президиума губкома и КК РКП(б). 1 сентября оно постановило перевести Голикова на два года в разряд испытуемых, с лишением возможности занимать ответственные посты[9].