В 1995—1997 г. Российская Федерация провела очередную модернизацию ЗРС С-300ПМУ1 и создала ЗРС С-300ПМУ2 («Фаворит»). Боевые возможности повысились за счет создания новой ракеты 48Н6Е2, имеющей повышенную эффективность поражения баллистических целей с обеспечением подрыва боевого заряла пели, увеличения дальней границы зоны поражения аэродинамических целей до 200 км, в том числе при стрельбе вдогон, расширения информационных возможностей командного пункта СУ 83М6Е2 по обнаружению и сопровождению баллистических целей с сохранением сектора обнаружения аэродинамических целей.
Кроме того, повышены обнаруженческие характеристики системы при ведении автономных боевых действий за счет использования нового автономного средства целеуказания РЛС 96J16E, имеется возможность наряду с ракетами 48Н6Е2 использовать ракеты ЗРС С-300ПМУ1 48Н6Е, обеспечивается возможность интегрирования системы «Фаворит» в любые системы противовоздушной обороны, в том числе и в системы ПВО стран НАТО.
В состав ЗРС входят командный пункт системы управления 83M6E2 и до шести зенитных ракетных комплексов С-300ПМУ2 (90Ж6Е2). В состав командного пункта входят пункт боевого управления 54К6Е2 и радиолокатор обнаружения 64Н6Е2. Имеются средства сопряжения с вышестоящим командным пунктом. Каждый ЗРК включает многофункциональный радиолокатор подсвета и наведения (РПН) 30Н6Е2 и до 12 пусковых установок (ПУ) типа 5П85СЕ, 5П85ТЕ. ЗРК может придаваться всевысотный обнаружитель (ВВО) 96Л6Е.
Радиолокатор обзора 64Н6Е2 командного пункта системы управления 83М6Е2 с фазированной антенной решеткой S-диапазона обеспечивает обнаружение воздушных объектов в радиусе 300 км и определение государственной принадлежности воздушного объекта с помощью систем распознавания. Информация о целях передается по линиям связи на пункт боевого управления, который обобщает и обрабатывает всю информацию о воздушной обстановке от различных источников и отображает ее на своих индикаторах, при работе с вышестоящим командным пунктом получает от него команды управления и информацию о воздушных объектах. ПБУ осуществляет завязку трасс обнаруживаемых целей, оценивает степень их опасности и производит целераспределение целей на боеготовые ЗРК путем выдачи целеуказання по целям. Вся работа пункта боевого управления может вестись полностью в автоматизированном режиме. ПБУ способен управлять ЗРК различных типов, в частности ЗРК С-300ГПМУ2, С-300ПМУ1, С-300ПМУ, С-200ВЭ в любом сочетании. С помощью специальной аппаратуры ведется документирование ведения боевых действий с целью проведения последующего анализа.
Радиолокатор подсвета и наведения 30Н6Е2 ЗРК 90Ж6Е2 на основе информации, поступающей от ПБУ и всевысотного обнаружителя, обеспечивает поиск, обнаружение, автоматическое сопровождение целей, осуществляет все операции, связанные с подготовкой и ведением стрельбы зенитными ракетами, а также оценивает результаты стрельбы. Многофункциональность локатора (сопровождение целей и наводимых на них ракет) обеспечивается применением фазированных антенных решеток Х-диапазона и высокой автоматизацией всех процессов его функционирования на основе современных вычислительных комплексов, имеющих быстродействующие алгоритмы управления.
Пусковая установка вертикального старта 5П85СЕ (5П85ТЕ) обеспечивает хранение, транспортировку и пуск ракет. Вертикальный старт позволяет обстреливать пели, летящие с любого направления. На пусковой установке находятся четыре ракеты 48Н6Е2 (48Н6Е). Нахождение ракеты в герметичном транспортно-пусковом контейнере (ТПК) позволяет не проводить ее технического обслуживания в течение десяти лет эксплуатации.
Особенностью ЗРС С-300ПМУ2 "Фаворит" является ее ракета 48Н6Е2, обладающая высокими маневренными возможностями и возможностями по перегрузке. Ракета оснащена осколочно-фугасной боевой частью и обеспечивает поражение воздушных объектов на дальностях от 3 до 200 км как на встречных курсах, так и при стрельбе вдогон. При подрыве боевой части ракеты за счет оптимизации области разлета осколков и их пространственно-энергетических характеристик происходит инициирование боевой части баллистической ракеты в воздухе, тем самым существенным образом снижается возможный ущерб.
Новый всевысотный радиолокатор целеуказания 96Л6Е с многолучевой фазированной антенной решеткой автоматически выдает на РПН 30Н6Е2 и командный пункт 83М6Е2 информацию о воздушной обстановке по всем воздушным целям, летящим с любого направления. За счет адаптивного использования широкобазовых сигналов и многочастотной работы всевысотный локатор обеспечивает эффективное обнаружение как наиболее опасных низковысотных целей, так и целей на средних и больших высотах. Обычно антенное устройство всевысотного радиолокатора поднимается на специальной вышке, тем самым достигается обнаружение целей на предельно малых высотах в условиях лесной и сильно пересеченной местности.

Израиль счел С-300 "слепыми" перед F-35